Escuela de Ciencias (1834-1840)

Institución laica creada durante la Federación Centroamericana por el gobernador liberal Mariano Gálvez. 

Tras la Independencia de América Central en 1821 la Universidad pasó a llamarse simplemente «Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo» y quedó en una situación precaria, ya que su nuevo edificio estaba en construcción y el ambiente político de la región centroamericana era muy inestable. En 1825, fue electo rector el Dr. Juan José de Aycinena y Piñol quien mantuvo la educación religiosa en la Universidad. Sin embargo, tras la derrota de los conservadores y la expulsión de las órdenes regulares, en 1829, la Universidad quedó en suspenso. En 1834, siendo Jefe del Estado de Guatemala el doctor Mariano Gálvez, se creó la Academia de Ciencias en el Estado, sucesora de la Universidad en Guatemala, eliminando la educación religiosa completamente, e implantando la enseñanza de Álgebra, Geometría,Trigonometría y Física; y también se comenzaron a otorgar títulos de Agrimensores. La Academia de Ciencias funcionó hasta 1840, año en que con el triunfo de los conservadores y bajo el mando efectivo del general Rafael Carrera volvió a transformarse en Universidad teológica y se llamó «Pontificia Universidad de San Carlos Borromeo»; el Dr. Aycinena fue nombrado nuevamente rector de la institución.